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第一任院所长 吴英恺（1956-1980）
中国科学院院士，外科学教授。1958年创建阜外医院，任阜外医院及心血管病研究所院所长。
第二任院所长 陶寿淇（198r>第三任院所长 郭加强（1983-1992）我国心脏外科主要创始人之一，创建了我国第一个同种瓣膜和血管库。第四任院所长 朱晓东（1992-1996）心血管外科专家，中国工程院院士。第五任院所长 高润霖（1996-2002）现任院长 胡盛寿（2002-今）心外科教授，中国工程院院士。现任国家心血管病中心副主任（主持工作），中国医学科学院阜外心血管病医院院长。
第三任院所长 郭加强（1983-1992）
我国心脏外科主要创始人之一，创建了我国第一个同种瓣膜和血管库。
第四任院所长 朱晓东（1992-1996）
心血管外科专家，中国工程院院士。
第五任院所长 高润霖（1996-2002）
现任院长 胡盛寿（2002-今）
心外科教授，中国工程院院士。现任国家心血管病中心副主任（主持工作），中国医学科学院阜外心血管病医院院长。
